Jim Hawkins, jeune garçon anglais, aide ses parents à tenir l’auberge de l’Admiral Benbow. Un vieux marin bourru, Billy Bones, s’y installe, terrorisant les clients par ses récits de pirates et sa peur obsessionnelle d’un « marin à une jambe ». Après la visite de deux anciens complices inquiétants, Billy Bones reçoit le redouté « point noir » et meurt de peur, laissant à Jim une carte au trésor ayant appartenu au tristement célèbre capitaine Flint.
Jim confie la carte au docteur Livesey et au châtelain Trelawney, qui décident aussitôt d’organiser une expédition. Trelawney affrète le navire l’Hispaniola et, sans grande prudence, recrute un équipage par l’intermédiaire du cuisinier de bord, Long John Silver, marin unijambiste au caractère jovial et rusé. Ce que personne ne sait encore, c’est qu’une grande partie de cet équipage est en réalité composée d’anciens pirates de Flint, prêts à la mutinerie dès que le trésor sera en vue.
En pleine traversée, caché dans un tonneau de pommes, Jim surprend une conversation de Silver et comprend le complot. Il prévient discrètement le capitaine Smollett, le docteur Livesey et le châtelain. À l’arrivée sur l’île, les tensions éclatent : les hommes restés loyaux se replient dans un vieux fortin en bois pour résister aux mutins, tandis que Jim, de son côté, multiplie les initiatives risquées — il s’échappe seul sur l’île, y rencontre Ben Gunn, un ancien pirate abandonné là des années plus tôt par Flint, puis s’empare d’un petit canot pour reprendre le contrôle de l’Hispaniola, affrontant au passage le dangereux pirate Israel Hands.
Capturé par les mutins à son retour, Jim est sur le point d’être exécuté lorsque Silver, habilement, prend sa défense pour préserver ses propres intérêts. Ensemble, pirates et prisonniers partent à la recherche du trésor grâce à la carte, pour découvrir que le magot a déjà été retrouvé et déplacé en secret par Ben Gunn, bien avant leur arrivée. Une dernière confrontation permet au docteur Livesey, au capitaine Smollett et à leurs alliés de reprendre le dessus sur les pirates restants.
L’histoire s’achève par le retour en Angleterre : Jim, le docteur Livesey, le châtelain Trelawney et leurs compagnons repartent chargés du trésor de Ben Gunn, laissant sur l’île trois pirates qui refusent de les suivre. Long John Silver, lui, parvient à s’échapper discrètement avec une partie de l’or. Jim rentre chez lui métamorphosé par cette aventure qui l’a fait grandir, mais avoue encore, parfois, entendre en rêve le bruit des vagues se briser sur les rivages de l’île au trésor.
